生殖器上长水泡生殖器疱疹，常有很多人不明原因。其状况是开始局部发红，有灼热及轻痒的感觉，迅速演变为米粒大小的丘疹，不久就演变成水疱，几天后天开始糜烂或浅溃疡、结痂，有疼痛，可伴有局部淋巴结肿大。
生殖器疱疹HSV感染后平均约4～5日，外阴患部先有灼热感生殖器疱疹，旋即发生成群丘疹，可为一簇或多簇，继之形成水疱。数日后演变为脓疱，破溃后形成糜烂或浅溃疡，自觉疼痛，最后结痂自愈，病程约2～3周。皮损多发于男性的包皮、龟头、冠状沟和阴茎等处，偶见于尿道口;
女性则多见于大小阴唇、阴蒂、阴阜、子宫颈等处，亦见于尿道口。原发性生殖器疱疹，往往伴有全身不适，低热、头痛等全身症状，局部淋巴结肿大。该病常复发，复发性生殖器疱疹较原发者轻，损害小，往往无全身症状。男性同性恋可出现肛门直肠HSV-2感染，其发病率仅次于淋球菌所致的肛门直肠炎，临床表现为肛门直肠疼痛、便秘、分泌物增加和里急后重，肛周可有疱疹性溃疡，乙状结肠镜检常见直肠下段粘膜充血、出血和溃疡。
潜伏期2～10日，平均为6日。发病部位男性为包皮、龟头、冠状沟、阴茎。偶可见于尿道、前列腺和精囊，同性恋者可发生于肛门、直肠;女性则为外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈，也可发生于肛门、直肠及尿道。原发性感染的症状往往比较严重，水疱出现前接种部位常先有灼热、瘙痒或感觉异常，女性白带增多，随之局部出现淡红色斑或丘疹，在此基础上迅速出现芝麻至绿豆大群集性紧张水疱，疱液开始较清，逐渐可变成混浊甚至程脓性。疱壁较薄，易破溃形成溃疡面较大，自觉疼痛，触动后更明显。
常发生于原发性生殖器疱疹后1～3个月内。由HSV-2感染引起者复发率较高，发作的频率也较高。第1次感染后1年内约60%的患者复发，第1年的发作次数为4～6次，有些多达10次以上。复发性生殖器疱疹的症状，比原发性生殖器疱疹轻。复发性生殖器疱疹可合并骶骨神经根病：表现为臀部或股部疼痛或感觉异常、尿潴留、阴茎不能勃起等。其它合并症还有直肠炎、前列腺炎、尿道炎综合征等。妇女发生宫颈癌的危险性比一般妇女大5～10倍。
